A történet Tokióban kezdődik. Egy középiskolás lány, Higurashi Kagome elszökött macskáját keresi, miközben betéved a családja tulajdonában lévő shinto szentélybe. A szentély lefedett kútja megnyílik, és Kagome tovább zuhan egy portálon keresztül a múltba, eközben életre kelti Mukade Jouro-t, a százlábú szörnyet, a benne levő ékkő segítségével. Mikor Kagome magához tér, a feudális Japán Sengoku korszakában találja magát. Egy közeli faluban találkozik egy papnővel, Kaede-vel. A papnőnek azonnal feltűnik, hogy Kagome szinte megszólalásig hasonlít halott nővérére, Kikyou-ra. Kaede elmeséli, hogy nagyjából ötven évvel azelőtt nővére akkor halt meg, mikor egy félszellem, InuYasha megpróbálta ellopni tőle a Négy Lélek Szent Ékkövét (Shikon No Tama). Kikyou halálosan megsérült a harc során, de még sikerült neki egy mágikus nyílvesszővel a félszellemet egy fához szögeznie (A fa egy időfa – Goshinboku). Az Ékkövet végül Kikyou testével együtt elhamvasztották, hogy azt magával vigye a túlvilágra.

Kiderül, hogy Kagome Kikyou reinkarnációja, és hogy az Ékkő az ő testében van. A százlábú démon rátámad a lányra, kitépi a testéből, majd lenyeli az ékkövet, ezzel még hatalmasabb erőre tesz szert. Mivel az ékkő, ha démon kezébe kerül, akkor megerősíti azt, de ha jó célokra akarják felhasználni, akkor egyszerűen megszűnik létezni. Kagome kénytelen kiszabadítani InuYashát, hogy az megküzdjön a démonnal.

Nem sokkal azután, hogy visszaszerzik az Ékkövet, rögtön mások is megpróbálják elrabolni tőlük. Kagome véletlenül szilánkokra töri, a szilánkok pedig szétszóródnak az egész vidéken.

A történet valódi cselekménye itt kezdődik és a főhősök kalandját meséli el, mialatt az Ékkő szilánkjai után kutatnak.

Időközben feltűnik a legfőbb ellenség is, aki az egész gondot okozta. Naraku, egy féldémon/félszelle. Eredetileg egy bandita volt, Onigumo, akit Kikyou 50 éve egy barlangban ápolt, mivel az annyira megégett, hogy már mozogni sem bírt. Onigumo beleszeretett Kikyouba, és féltékenységből odaadta a lelkét egy falka démonnak, csakhogy új testet és erőt kaphasson, amivel megszerezheti magának a papnőt. A démonok azonban átformálják a maguk képére, és mivel mindegyikük haragot táplált a papnő iránt, új életében már csak az érdekli, hogy megölhesse korábbi szerelmét.

Időközben InuYasha és Kikyo között elkezdtek csírázni egy kölcsönös vonzalom gyökerei, habár kezdetben a félig kutyaszellem is csak az ékkövet akarta a lánytól, hogy teljesen szellemmé változhasson, és ne legyen két faj számkivetettje.

Tsubaki, egy sötét papnő el akarta kérni Kikyoutól akkoriban az ékkövet, mondván, hogy Kikyou úgysem tudja megtisztítani, mivel a szerelem, amit InuYasha iránt érez meggyöngítette őt. Ám mind Kikyo, mind a saját mestere elutasította, és ez olyan törést okozott neki, hogy haláláig kegyetlen ellensége maradt az Ékkő őrzőinek és InuYashának is.

Megkísérelte egy átokkal megölni Kikyout, ám ő visszafordította ellene, aminek a nyoma ottmaradt az egyik szemén. Tsubaki kétségbeesve sérült szépsége miatt az örök fiatalságért cserébe eladta magát a démonoknak.

Naraku Tsubaki kudarca után InuYasha alakját öltötte magára, és így támadt rá Kikyoura, aki kedvesére várt, hogy odaadja neki az ékkövet. InuYasha ugyanis megígérte Kikyounak, hogy emberré válik, hogy együtt élhessen vele a faluban. Ez az áldozat mindkettejüket felszabadította volna, az Ékkő elveszíti az erejét, így a papnő szolgálatára sincs többé szükség, aki szabadon férjhez mehet.

Naraku mindkettőjüket tőrbe csalja. Kikyout halálosan megsebzi InuYasha képében, InuYashát pedig megtámadja Kikyou képében. Végül a csalódott InuYasha a faluba siet, hogy ellopja az ékkövet, de a valódi Kikyou addigra odaér és utolsó erejével az Idő Fájához szögezi a féldémont. Mivel Kikyou nem akarta megölni, egy mágikus vesszővel szögezte őt oda, így InuYasha csak elaludt és nem halt meg – ezenkívül az idő számára megállt. Kikyo felhasználhatta volna az ékkövet, hogy megmentse saját életét, de nem tette. Inkább a halált választotta, mert kedvese nélkül nem akart tovább élni.

Tehát Naraku, aki elválasztotta InuYashát és Kikyout, most az ékkőre feni a fogát. Időközben InuYasha és Kagome új barátokra és egyben útitársakra is lelnek Miroku (a szerzetes), Sango (a szellemirtó) és Shippo (a rókaszellem) személyében.